В результате административных реформ, проведенных в церковной организации императором Алексеем I Комниным (1081–1118) и патриархом Евстратием (1081–1084), крымские архиепископии Херсона, Сугдеи и Боспора, входившие в одну  епархию с Зихией, были от нее отделены. Архиепископия Тмутаракани ((Ai arciepiskopai)  ng ta` [Ta]matarca. ta` Matraca htoi Zicia) (Darrouzes, 1981, p. 346) стала абсолютно автономным церковным центром, который не зависел от греческого духовенства крымских городов. За ней по-прежнему оставалась задача проповеди христианства среди адыгов, что подчеркивалось и ее официальным наименованием в Нотициях Константинопольского патриархата, составленных в это время – епархия “Матрахи и Зихии” (ta` Matraca h`toi Zicia). Статус Зихской епархии колеблется в пределах четвертого десятка автократных епархий, ей отводятся в различных Нотициях 39, 40, 44 или 53 места (Кропоткин, 1958, с. 203, табл. 1). Епархия именуется то по названию города Matraca, то по названию страны и подавляющей части прихожан - Zhkcia (Гадло, 1991а, с. 106). Зихский престол не был понижен в ранге автокефальной епископии.

Из Тамани (1984 и 1987 гг.) происходят и две вислые свинцовые печати-моливдовула (известны еще две подобные печати), с надписью “Богородица, помоги Антонию, архиепископу Зихии” . Это именно тот архиепископ, имя которого дважды упоминается в константинопольских патриарших актах. Видимо, Антоний занимал Зихскую кафедру в 40-х – начале 50-х гг. XI в. (Малахов, Пьянков, 1997, с. 46; Устаева, Чхаидзе, 2004, с. 47-48).

В конце XI – начале XII вв. на Зихскую кафедру был возведен русский епископ, монах Киево-Печерского монастыря Никола (Николай) (Козловский, 1928, с. 17; Мошин, 1932, с. 49, 55-61; Гадло, 1991б, с. 10; Алексеева Е.П., 1992, с. 85; Нарожный, 1994а, с. 25; Кабанец, 2004б, с. 73-80), хотя и Зихская епархия и Русская церковь одинаково были подчинены Константинопольскому патриарху.

В 1995 г. на городище у с. Хотов под Киевом, была найдена печать XII в., которая, по прочтению надписи (K[URI]E BO[HVEI] GRHGOR MATRA) приписывается неизвестному по другим источникам архиепископу Матрахи Григорию (Янин, Гайдуков, 1998 с. 38, 120, № 66б, табл. 4.66б, 59.66б).

Под соборным постановлением патриарха Луки Хрисоверга (1157–1170) помимо архиепископов Готии и Сугдеи-Фулл, стоит подпись архиепископа Матрахи. Имена в документе не приведены (Васильев, 1927, с. 269; Лавров, 1959, с. 228).

В конце XIII в. статус Зихской епархии был изменен, она была возведена в ранг митрополии и в 1317–1318 гг. уже фигурирует самостоятельный митрополит Зихии с титулом Зихо-Матархского. Это свидетельствует как о численном росте паствы, так и об усилении роли митрополии в церковно-административной жизни Константинопольского патриархата. Последние сведения о митрополите Зихии и Матархи “преосвященном” Иосифе относятся к 1396 г. (Зевакин, Пенчко, 1938, с. 117; Лавров, 1959, с. 228; Гадло, 1991а, с. 105-106; Нарожный, 1994б, с. 18-19; Байер, 1995, с. 73-74).